שתי האפשרויות שהעלית בשאלתך נכונות: עבודה אחת היא לשנות את התודעה על ידי ראית הטוב הפנימי שבתוך הרע המדומה. זו העבודה העיקרית במקרים בהם לא שייך לשנות את המצב הגשמי של הרע המדומה. אז, מתוך ההתבוננות כי הכל בהשגחה פרטית ו"אין רע יורד מלמעלה" ניתן לזהות את הטוב הפנימי שבתוך המציאות הקבועה.
עבודה שניה היא במצבים של מציאות שיכולה להשתנות לטובה בפועל, כדוגמת החלמת חולה, שיפור מצב הפרנסה וכיו"ב. גם כאן, אין הכוונה (רק) לעבודה המעשית לשינוי המצב – להתנהג לפי הוראות הרופא, למצוא עבודה מכניסה יותר וכיו"ב – אלא (בעיקר) לשינוי המתחולל על ידי תוקף האמונה ושינוי התודעה. במקרה כזה, אומר אדמו"ר הזקן, על ידי האמונה בטוב ה' וההכרה שהכל בא ממנו, הרע המדומה נכלל בטוב הגנוז ומתהפך לטוב הנראה והנגלה.
שני הסוגים של שינוי התודעה הם בעצם שתי בחינות הקיימות בתוך הדעת של האדם, בסוד "עץ הדעת טוב ורע". בלשון הקבלה, הדעת של האדם מורכבת מ"תרין עטרין" – "עטרא דחסדים" ו"עטרא דגבורות" (שתי 'עטרות', עטרה של חסדים ועטרה של גבורות). צד החסד הוא "עץ הדעת טוב" – הכח לשנות את המציאות לטובה בפועל ממש, בהגברת החסדים והשלטת הטוב הגנוז בכל מציאות. צד הגבורה הוא התיקון של "עץ הדעת… רע" – התמודדות עם מצב של דין וקושי (בלתי הפיך) על ידי שינוי התודעה גם ביחס למה שנתפס כרע ומציאת הטוב הגנוז בתוכו.
בעבודת הנפש הפנימית, שתי הבחינות הללו הן גם השרש של שתי העבודות העיקריות של האדם בהתמודדות עם הרע שבתוכו פנימה – "אתכפיא" ו"אתהפכא": עבודת ה"אתכפיא" היא הכח להשתלט על הרע שבנפש ולכפות אותו בדרך של "מח שליט על הלב". בדומה להשתלטות המח-התודעה על הרע (המדומה) במציאות, ומניעת ההשלכות ההרסניות שלו (בדכאון, ספקות באמונה וכו'), כך גם ביחס לרע שבתוך הנפש, אתכפיא היא השתלטות המח – התודעה על מציאות הרע כפי שהיא וריסון הרע הזה מלבוא לידי ביטוי שלילי במציאות (מתוך הכרה שיש גם ברע זה טוב גנוז – שליחות אלקית מיוחדת בהתמודדות איתו). עבודת ה"אתהפכא" היא הפיכת הרע עצמו לטוב, בדומה לשינוי המציאות השלילית לטוב הנראה והנגלה.