לפי דרך החסידות, ההדרכה הכללית היא שאין צורך לחטט יותר מדי אחרי מניעים נעלמים ומקורות נסתרים, כמו למשל תסביכים תת-הכרתיים משנות הילדות. לכאורה, יש צדק בטענת הפסיכולוגיה שכדי להבריא את הסימנים החיצוניים (סימפטומים) צריך לטפל בשורש. אבל ראשית, חסר כאן הממד של האמונה. הקב"ה אינו מעמיד את האדם במצב שאינו יכול להתמודד מולו, "אין הקב"ה בא בטרוניה עם בריותיו", אלא נותן לו את הכלים לטפל בבעיות לפי הרובד הגלוי והידוע לפניו. "הנסתרות לה' אלהינו (לטפל ולהבריא את השרשים הנעלמים) והנגלות לנו ולבנינו". כך לימד מורנו הבעל-שם-טוב שהאדם אינו צריך לדעת את "גלגולי הנשמה" הקודמים שלו (גם אם היו כאלה), אלא לחיות בצורה בריאה כפי שהוא היום, ולהתמקד בתחום שתחת הבחירה החופשית שלו. כך גם בנוגע לשרשים נפשיים ב"תהום" הלא-ידועה שבנפש, יש להתייחס אליהם כאל "גלגול קודם" שאין בכוחי, ואין מתפקידי, לעסוק בו. מתוך האמונה, נובע בטחון חזק בה' ה"רופא כל בשר" ברפואת הנפש ורפואת הגוף, והוא יעשה את שלו באופן הטוב לי ביותר. בנוסף, צריך להבין שהקשר בין הסימנים לשרשים הוא דו-סטרי.
כמו שגיזום ענפים בעץ מעניק כח לשרשים, כך ניתן לגעת ולטפל ברבדים הנסתרים והנעלמים של הנפש על-ידי טיפול בחלקים הגלויים והמודעים. בתפיסה מקיפה וכוללת (הוליסטית) של הנפש, מבינים שיש איזון חוזר בין כל חלקי הנפש (כמו המושג "אור חוזר" בקבלה), והטיפול ברובד שנמצא תחת הכרתנו ושליטתנו חוזר ומשפיע על כל "שיעור הקומה" של האדם, עד לחלקים הנסתרים והעמוקים ביותר. למשל, אם האדם שקוע בעצבות (עד כדי דכאון, ח"ו), אפשר בהחלט לטפל בכך גם מבלי שנחשוף גורמים נסתרים הנמצאים מתחת לסף ההכרה, משקעי עבר וכדו' (אך מבלי "לטאטא תחת השטיח" גורמים ידועים), והשמחה תחלחל בכל האישיות ותבריא אותה. בלשון ההלכה, יש 'סימנים' שלכאורה נראים כסימנים חיצוניים, אך אליבא דאמת הם ביטוי של עצם העניין (כמו סימני טהרה של בעלי חיים). כך גם בנוגע לכל תופעה נפשית גלויה, אין היא רק סימן חיצוני (כמו כתם שמנקים בפסח), אלא ביטוי של עצם הנפש, ולכן הטיפול בה הוא טיפול בנפש עצמה. הפסיכולוגיה מאבחנת וקוראת בשם מדויק לכל בעיה, וזה עלול להיות דבר שלילי, כי ברגע שנותנים הגדרה במינוחים רפואיים, הדבר חוסם את אפשרות הריפוי, כיון שיש בכך קביעת עובדה סופית: אתה חולה וזהו. הגישה הזו קרובה לפטליזם שלילי (אמונה בגורל עיוור וקבוע מראש), המנוגד ליהדות ולבחירה החופשית. אין הכוונה שצריך להתעלם לגמרי ולא להכיר את המושגים השונים שחשפה הפסיכולוגיה, כמו כל חכמה שיש בה חלקים טובים ("חכמה בגויים תאמין"), אלא לא לייחס להם משקל יתר.
צריך להכיר שבאמת יש לכולנו בעיות נפשיות, וכולנו מתמודדים עם אותם אבי-טיפוס הדורשים טיפול, כמו גאוה, יאוש ופחד. במדה מסוימת כולנו חולים, אבל כולנו יכולים להגיע לבריאות נפשית, שהיא תוצר של אמונה, עבודה ותשומת-לב. ליועץ טוב בדרך החסידות, צריך להיות חוש אבחון טבעי חד ומפותח, ובעיקר – עליו להיות שופע אהבה ועידוד, לתמוך ולשקם במטופל, והעיקר – לנסוך בו כוחות להתמודד ולתקן את עצמו, מתוך הרבה אמונה ובטחון בה'.